Tijdens de vroege middeleeuwen behoorde Hoegaarden tot het graafschap Brunengruz, bestuurd door gravin Alpaïdis. Zij stichtte op het einde van de 10de eeuw een kapittel van kanunniken, genaamd Huardis. Na haar dood in 987 schonk Otto III het graafschap Brunengruz aan Notger, bisschop van Luik.
Hoegaarden werd Luiks gebied en vormde een Luikse enclave in het hertogdom Brabant. De algemene welvaart, vooral te danken aan de biernijverheid, nam zienderogen toe. Op het eind van de 18de eeuw waren er in Hoegaarden 39 brouwerijen.
Dankzij deze welvaart werd in 1754 de collegiale Sint-Gorgoniuskerk heropgebouwd, de grootste rococokerk van België.
De Franse Revolutie betekende de grote ommekeer en maakte van Hoegaarden een Brabantse gemeente.